В картине Крамского пустыня производит впечатление холодного ледянящего пространства, в котором нет и не может быть жизни. Могучая вертикаль словно окаменевшей от дум фигуры Христа противостоит бесконечной шири пустыни. В его лице, особенно во взгляде, полном напряженной мысли, читается некая отрешенность, отсутствие реальности здешнего мира. Он изображен спиной к розовеющему горизонту, он может только угадывать восход.

Утро возрождения наступило, но солнце еще не встало... Подобно тому, как посреди холода и мрака пустыни рождается свет, так внутри изображенного человека рождается воля к преодолению мрака и хаоса окружающей жизни. В картине нет места ясным и радостным тонам, как нет места наивной светлой вере. Его вера обретается в мучительном борении духа, в противостоянии миру и самому себе.
Эстетика картины находится в границах эпохи. Созданный Крамским образ не божественен и не сверхестествен. Имея земной облик, Христос воплощает идею невидимого мира, являя вместе с тем образ Божий. Крамской ищет изображение по отношению к собственному мыслимому образу, а не по отношению к абсолюту и тем более не к социальному или физическому типу. Он и не претендует на универсальность обретенного им в живописи идеала. В этом случае "правда лица" зависит не от эстетического канона, а от подлинности веры художника.
А на вопросы зрителей: "Это не Христос, почему вы знаете, что он был такой? - я позволял себе дерзко отвечать, но ведь и настоящего, живого Христа не узнали", - писал Крамской. В начале 1873 года Крамской, узнав, что Совет Академии художеств решил присудить ему звание профессора за картину "Христос в пустыне", пишет письмо в Совет об отказе от звания, оставаясь верным юношеской идее независимости от Академии.